Über dem Eingang zur Oberkirche ist eine Fensterrose zu sehen, die vier Figuren umgeben. Diese sind die Symbole für die vier Evangelisten (der geflügelte Mensch -nicht Engel- ist Symbol für den Evangelisten Matthäus, der Adler ist Symbol für den Evangelisten Johannes, der Löwe ist Symbol für den Evangelisten Markus, und der Stier ist Symbol für den Evangelisten Lukas).
Im einschiffigen Raum der Oberkirche sind neben den Fresken von Giotto mit Szenen aus dem Leben des heiligen Franziskus auch 32 Geschichten aus dem Alten und Neuen Testament, ausgeführt von der Cimabue – Schule, und im Querschiff, in der Vierung und in der Apsis Cimabue – Fresken, die bis 1277 zurückreichen.